本病的确切病因尚不完全明了，与以下一些因素有关：

（1）遗传因素 文献报道有同胞姐妹得病，在同家族中可有无症状患者，或患其他结缔组织病、高丙球蛋白血症者。亲属中抗核抗体的阳性率也较高。组织相容性抗原如ＨＬＡ-Ａ1Ｂ、ＤＲ3、ＨＬＡ-ＤＲＣ４ａ与本病相关，而且抗ＲＯ/SＳＡ抗体与ＤＲ3阳性的新生儿狼疮密切相关，这些均提示本病存在遗传倾向。

（2）感染因素 病毒感染，尤其是慢病毒感染在本病发病的意义，已引起普遍重视。狼疮患儿可出现血清抗病毒抗体滴度增高（如麻疹、风疹、副流感及ＥＢ病毒等）。患儿体内可发现病毒包涵体，核衣壳等。病毒感染系直接因素，或系发病诱因，有待进一步探讨。

（3）自身免疫 在系统性红斑狼疮患儿体内可测出多种自身抗体，如抗细胞核抗体（ＡＮＡ）、抗核糖核酸抗体（ＲＮＡ）、抗脱氧核糖核酸抗体（ＤＮＡ）、抗可提取核抗原（ＥＮＡ）抗体、抗细胞浆抗体、抗细胞间质抗体、抗红细胞抗体、抗白细胞抗体、抗血小板抗体、抗丙种球蛋白抗体（类风湿因子）等。通过免疫荧光检查，在受损或无病变的皮肤血管壁、表皮和真皮的连接处、肾小球血管壁及其他受累组织，可见到ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＭ、Ｃ3、Ｃ4及抗原抗体复合物的沉积，同时血清补体水平降低。

（4）其他发病因素 本病多见于女性，因此内分泌的影响亦应考虑。日光照射可使病情加重。此外，一些药物也可引起本病，如青霉素、磺胺类、异烟肼、对氨基水杨酸、呋喃叮、普鲁卡因酰胺、青霉胺、肼苯达嗪、甲基多巴、巯甲丙脯酸、氯丙嗪、苯妥英钠、扑痫酮、三甲双酮等。又称类狼疮综合征。停药后症状可消失。

目前认为本病系由上述诸因素诱发的自身免疫性疾病。各种自身抗体与相应的抗原结合形成可溶性免疫复合物，在补体参与下，沉积于靶器官，从而产生全身血管及相应组织器官的炎性反应，造成组织病理损害。